L'église de Flagy dédiée à St-Thibault est située en contrebas du bourg ; le clocher joue très peu le rôle de signal dans le paysage. Son emplacement dans le Bourg ne dessine pas avec les habitations voisines une place clairement définie depuis la rue.
Une placette s'ouvre pourtant dans l'axe de la nef et du portail mais la porte latérale depuis la rue est l'accès le plus fréquenté. L'entrée usuelle se fait donc sur le côté.
Le cimetière s'étend autour de l'abside, seul reste de l'époque romane et est séparé visuellement de la rue par un mur de pierre. Le clocher à section carré a été reconstruit à la suite d'un coup de foudre. La nef (refaite en 1824) à plafond plat s'ouvre sur l'abside dont la voûte est peinte en bleu intense. Les deux autels latéraux dédiés l'un à la Vierge, l'autre à St-Thibault marquent la césure entre la nef et l'abside.